2026年10月1日から、インボイス発行事業者以外の者から行う課税仕入れについて、仕入税額控除の経過措置が新しい段階に入りました。
これまで、免税事業者やインボイス未登録事業者からの課税仕入れについては、仕入税額相当額の80％を控除することができました。
本日以後に行う課税仕入れについては、この控除割合が原則として70％になります。
当初は、2026年10月から50％へ引き下げられる予定でしたが、2026年度税制改正により制度が見直され、今後は70％、50％、30％と段階的に縮小されることになりました。
一方、インボイス登録を機に課税事業者となった小規模事業者に適用される「2割特例」は、2026年10月1日にすべての事業者について一斉に終了するわけではありません。
70％控除は「課税仕入れを行った日」を基準に切り替わるのに対し、2割特例は「2026年9月30日までの日の属する課税期間」かどうかによって判定するためです。
本稿では、2026年10月1日から変わる内容と、経理・申告実務で間違えやすい適用時期を整理します。
※本稿は2026年10月1日現在の公表資料に基づいています。
WHAT’S NEW｜80％控除から70％控除へ
インボイス制度では、原則として、適格請求書発行事業者以外の者から行った課税仕入れについて、仕入税額控除を受けることができません。
ただし、制度開始後の急激な負担増を避けるため、一定期間、仕入税額相当額の一部を控除できる経過措置が設けられています。
2026年度税制改正後の控除割合は、次のとおりです。
| 課税仕入れを行う期間 | 控除できる割合 |
|---|---|
| 2023年10月1日～2026年9月30日 | 80％ |
| 2026年10月1日～2028年9月30日 | 70％ |
| 2028年10月1日～2030年9月30日 | 50％ |
| 2030年10月1日～2031年9月30日 | 30％ |
| 2031年10月1日以後 | 0％ |
当初の制度では、2026年10月1日から2029年9月30日までを50％控除とし、その後は控除できない予定でした。
2026年度税制改正では、控除割合を段階的に縮小するとともに、経過措置の適用期限が2031年9月30日まで2年間延長されています。
したがって、2026年10月1日から直ちに50％控除になるわけではなく、まず70％控除へ移行します。
KEY ISSUE｜判定基準は請求書の発行日や支払日ではない
80％控除と70％控除のいずれを適用するかは、原則として「課税仕入れを行った日」によって判断します。
必ずしも請求書の発行日、請求書を受け取った日、代金を支払った日で決まるわけではありません。
例えば、2026年9月に商品の引渡しを受け、請求書が10月に発行された場合、課税仕入れを行った日が9月であれば、原則として80％控除の対象となります。
反対に、9月中に代金を前払いしていても、商品やサービスの提供が10月であれば、原則として70％控除の対象になります。
継続的な役務提供、工事、保守契約、賃貸借、前払費用などについては、契約内容や取引の完了時期により、課税仕入れを行った日の判定が異なることがあります。
月をまたぐ取引については、請求書の日付だけで機械的に判断しないことが重要です。
税負担はどの程度変わるのか
インボイス未登録事業者から、標準税率10％の対象となる商品やサービスを税込11万円で購入した場合を考えます。
その仕入税額相当額は1万円です。
2026年9月30日までの課税仕入れであれば、その80％である8,000円を仕入税額として控除できました。
2026年10月1日以後の課税仕入れでは、控除額は70％である7,000円になります。
| 内容 | 80％控除 | 70％控除 |
|---|---|---|
| 税込支払額 | 110,000円 | 110,000円 |
| 仕入税額相当額 | 10,000円 | 10,000円 |
| 控除できる金額 | 8,000円 | 7,000円 |
| 控除できない金額 | 2,000円 | 3,000円 |
この例では、購入者側の消費税負担が1,000円増えることになります。
金額自体は取引ごとには小さく見えても、外注費、士業報酬、業務委託料、店舗賃料、フリーランスへの支払など、インボイス未登録事業者との取引が多い企業では、年間の影響額が大きくなる可能性があります。
70％控除を受けるための保存要件
70％控除は、インボイスがなくても自動的に適用されるものではありません。
経過措置の適用を受けるには、原則として、一定事項が記載された帳簿と請求書等を保存する必要があります。
帳簿には、通常の記載事項に加えて、その課税仕入れが経過措置の適用対象であることを記載します。
実務上は、会計ソフトの税区分や摘要欄などを利用し、次の取引を区別できる状態にしておく必要があります。
- インボイス発行事業者からの課税仕入れ
- インボイス未登録事業者からの80％控除対象仕入れ
- インボイス未登録事業者からの70％控除対象仕入れ
- 仕入税額控除の対象とならない仕入れ
- 帳簿のみの保存で控除できる特例対象取引
2026年9月と10月の取引が同じ課税期間に含まれる場合には、80％控除と70％控除が一つの申告期間に混在します。
会計ソフトに旧税区分と新税区分が正しく設定されているか、確認が必要です。
2割特例とは別の制度
今回の70％控除と、いわゆる「2割特例」は、対象者も計算方法も異なる制度です。
| 項目 | 70％控除 | 2割特例 |
|---|---|---|
| 主な対象 | インボイス未登録事業者から仕入れる課税事業者 | インボイス登録を機に課税事業者となった小規模事業者 |
| 制度の位置付け | 購入者側の仕入税額控除 | 売手側の納付税額の軽減 |
| 計算内容 | 仕入税額相当額の70％を控除 | 売上税額の20％を納付 |
| 判定単位 | 課税仕入れを行った日 | 課税期間 |
| 2026年10月1日の影響 | 本日以後の仕入れから70％へ | 本日一斉に終了するわけではない |
両者は「免税事業者」「インボイス」「経過措置」という共通の文脈で説明されますが、混同しないよう注意が必要です。
2割特例はいつまで使えるのか
2割特例を適用できるのは、2023年10月1日から2026年9月30日までの日の属する課税期間です。
この規定は、2026年9月30日までに課税期間が終了しなければならない、という意味ではありません。
例えば、3月決算法人の2026年4月1日から2027年3月31日までの事業年度には、2026年9月30日が含まれています。
そのため、適用要件を満たす3月決算法人は、2027年3月期についても2割特例を適用できることになります。
同様に、個人事業者については、2026年分の課税期間に2026年9月30日が含まれるため、適用要件を満たせば、2026年分の消費税申告で2割特例を利用できます。
したがって、「2026年10月1日になったので、今日から2割特例が使えない」という理解は正確ではありません。
一方、2026年10月1日以後に開始し、2026年9月30日を含まない課税期間については、2割特例を適用できません。
法人と個人事業者で異なる2割特例後の取扱い
2割特例終了後の取扱いは、法人と個人事業者で異なります。
法人については、2割特例終了後に3割特例を適用することはできません。
原則課税または簡易課税制度によって申告する必要があります。
これに対し、インボイス登録を機に課税事業者となった一定の個人事業者については、2027年分と2028年分の消費税申告で「3割特例」を適用できます。
3割特例では、納付税額を売上税額の3割とすることができます。
主な要件は次のとおりです。
- 個人事業者であること
- インボイス発行事業者の登録を受けていること
- インボイス登録がなければ免税事業者となる課税期間であること
- 基準期間の課税売上高が1,000万円以下であること
- 課税期間を短縮していないこと
- 調整対象固定資産等の取得により免税事業者となれない期間ではないこと
法人には3割特例が設けられていないため、2割特例終了後の申告方法を早めに検討する必要があります。
1億円の控除限度額にも注意
2026年度税制改正では、控除割合だけでなく、同一のインボイス未登録事業者から行う課税仕入れについての限度額も見直されました。
一のインボイス未登録事業者から行った課税仕入れの税込合計額が、その年または事業年度で1億円を超える場合、超過部分については70％・50％・30％控除を適用できません。
ただし、この1億円基準が適用されるのは、2026年10月1日以後に開始する課税期間です。
したがって、2026年10月1日をまたぐ課税期間については、次の二つを分けて確認する必要があります。
- 控除割合が80％から70％へ変わる取引日の判定
- 1億円の控除限度額が適用される課税期間の開始日の判定
例えば、3月決算法人の2027年3月期は、10月以後の課税仕入れについて70％控除になりますが、同事業年度は2026年4月1日に開始しているため、新しい1億円基準の適用開始時期とは一致しません。
「10月1日からすべての改正項目が同じように適用される」とは限らない点に注意が必要です。
PRACTICAL IMPACT｜企業が確認すべきこと
1．会計ソフトの税区分
インボイス未登録事業者からの課税仕入れについて、80％控除用と70％控除用の税区分が正しく使い分けられるか確認します。
自動仕訳、経費精算システム、請求書OCR、仕訳連携についても確認が必要です。
2．9月・10月をまたぐ取引
請求日や支払日だけではなく、商品の引渡日や役務の提供完了日など、課税仕入れを行った日を確認します。
継続契約や期間契約については、契約書と請求内容を確認します。
3．取引先の登録状況
継続的に取引している外注先、業務委託先、個人事業主、家主などについて、インボイス登録状況を改めて確認します。
以前は未登録だった取引先が、その後登録している場合もあります。
4．影響額の試算
インボイス未登録事業者への年間支払額を集計し、80％から70％への変更による消費税負担の増加額を試算します。
取引条件を見直す場合には、消費税だけでなく、取引内容、代替可能性、独占禁止法や下請法上の問題にも配慮する必要があります。
5．2割特例終了後の申告方法
2割特例を利用している法人は、特例終了後に原則課税と簡易課税のどちらを選択するか検討します。
簡易課税制度は、業種ごとのみなし仕入率によって結果が異なり、原則として一度選択すると2年間の継続適用が必要です。
2026年度税制改正では、2割特例または3割特例の適用を受けた課税期間の翌課税期間から簡易課税へ移行する場合について、届出期限の特例も整備されています。
ZEIMU LENS｜「日」と「課税期間」が交差する改正
今回の制度変更を複雑にしているのは、改正内容ごとに適用時期の判定単位が異なることです。
70％控除への変更は、原則として課税仕入れを行った「日」で判定します。
2割特例は、2026年9月30日が含まれる「課税期間」かどうかで判定します。
一の未登録事業者からの課税仕入れに係る1億円基準は、課税期間の「開始日」で適用時期を判定します。
このため、同じ2026年10月1日という境界であっても、適用結果は一律ではありません。
特に、2026年10月1日をまたぐ事業年度では、次のような状態が同時に生じる可能性があります。
- 9月までの仕入れは80％控除
- 10月以後の仕入れは70％控除
- 当該課税期間については2割特例を適用可能
- 新しい1億円基準はまだ適用されない
インボイス制度の経過措置は、単なる控除割合の変更ではなく、取引日、課税期間、事業者区分および申告方法を組み合わせて判断する必要があります。
今後は、インボイス未登録事業者との取引を抽出するだけでなく、課税仕入れの時期と各経過措置の適用期間を正確に管理することが重要になります。
参考資料
- 国税庁「令和8年度税制改正特集」
- 国税庁「インボイス制度に関する令和8年度税制改正について」
- 国税庁「No.6498 適格請求書等保存方式（インボイス制度）」
- 国税庁「2割特例（インボイス発行事業者となる小規模事業者に対する負担軽減措置）の概要」
- 国税庁「インボイス制度に関するQ&A目次一覧」
本稿は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案に対する税務上または法務上の助言を構成するものではありません。
インボイス経過措置の適用については、課税仕入れを行った時期、課税期間、取引先の登録状況、帳簿・請求書等の保存状況および採用する消費税の計算方法を踏まえて、個別に確認する必要があります。
