グループ会社から請求される管理料、経営指導料、システム利用料、ブランド使用料などについて、契約書と請求書を保存していれば十分でしょうか。
2026年度税制改正により、関連者間取引に係る書類の整理保存の特例が創設されました。令和8年（2026年）4月1日以後に開始する事業年度に行う一定の関連者間取引について、既存の契約書や請求書だけでは取引内容や対価の算定根拠が分からない場合、「特定事項記載書類」を申告期限までに取得または作成し、原則7年間保存する必要があります。
対象になり得るのは、典型的にはグループ会社から受ける管理・人事・経理・法務などの本社サービス、共通システムやERPの利用、知的財産の使用、費用分担などです。
本稿では、制度の対象、契約書だけでは不足し得る理由、保存すべき情報、損金算入との関係、実務上の準備を国税庁の公表資料に基づいて整理します。
※本稿は2026年10月5日現在の法令・公表資料に基づいています。
WHAT’S NEW｜関連者間取引の書類保存ルールが新設
法人税法上、法人は取引に関して受領・作成した注文書、契約書、請求書、領収書、見積書などを保存する必要があります。
しかし、グループ内取引では、当事者間に支配関係があることから、取引の詳細や請求額の計算根拠が契約書・請求書に十分記載されない場合があります。国税庁は、このような場合には外部から取引実態を把握しにくいという問題意識を示しています。
そこで新設されたのが、法人税法施行規則第59条の2および第67条の2に定める「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例」です。
対象取引に関する既存書類に必要事項の記載・記録がなければ、その不足事項を明らかにする「特定事項記載書類」を追加で取得または作成しなければなりません。
いつから適用されるのか
この制度は、内国法人の令和8年（2026年）4月1日以後に開始する事業年度に行う関連者間取引から適用されます。
例えば3月決算法人では、2026年4月1日から始まる2027年3月期の取引が対象です。12月決算法人では、2027年1月1日から始まる事業年度から対象となります。
特定事項記載書類は、原則として対象取引を行った事業年度の法人税申告書の提出期限までに取得または作成し、起算日から7年間保存します。
対象となる「関連者」とは
関連者には、一方の法人が他方の法人の発行済株式等の50％以上を直接または間接に保有する関係など、一定の特殊関係にある法人が含まれます。
単に100％子会社との取引だけが対象になるわけではありません。親子会社、兄弟会社など、資本関係や実質的な支配関係を含めて判定する必要があります。
また、この制度は国外関連者との取引に限られません。国内グループ会社間の取引も対象になり得ます。
対象となる取引
対象となるのは、関連者が内国法人に対して行う次の取引のうち、その内国法人の販売費、一般管理費その他の費用の原因となるものです。
- 工業所有権等の譲渡または貸付け
- 一定の役務の提供
実務上は、次のようなグループ内取引が候補になります。
- 親会社による経営管理、経営指導、財務・経理、人事、法務、広報などの本社サービス
- 共通ERP、会計システム、クラウドサービス、セキュリティシステムの利用
- 商標、特許、ノウハウ、ブランドなどの使用
- 共同広告、研究開発、共用施設などに係る費用分担
- グループ内コンサルティング、プロジェクト支援、技術支援
取引名称ではなく、実際の役務内容や費用の性質に基づいて判定することが重要です。
KEY ISSUE｜契約書だけでは足りない場合とは
新制度は、すべての対象取引について新しい様式の書類を一律に作成させるものではありません。
既存の契約書、請求書、業務報告書、計算資料などに必要事項が十分記載され、第三者が取引内容を客観的に把握できるのであれば、別途の特定事項記載書類は不要です。
一方、次のような記載だけでは不足する可能性があります。
- 契約書に「経営管理業務一式」としか書かれていない
- 請求書に「Management fee」「System fee」と総額だけが記載されている
- 費用の配賦基準やマークアップ率が分からない
- どの部署が、いつ、どの程度の役務を提供したか分からない
- 日本法人が受けた便益と負担額の関係が説明できない
国税庁の事務運営指針は、対価が「一式」とされている場合や取引内容が抽象的に表示されているだけの場合には、その書類だけで必要事項の記載があるとはいえないことがあると明示しています。
役務提供について保存すべき情報
必要な情報は取引類型により異なります。国税庁の事務運営指針を実務的に整理すると、次の項目が中心になります。
1．費用分担の場合
- 対象となる事業活動の内容
- 実施方法、場所、回数
- 日本法人が受ける利益・便益の内容
- 費用総額と日本法人の負担額
- 売上高、人数、利用者数、工数などの配賦基準
- 負担額に至る計算過程
2．経営管理・指導等の場合
- 役務の具体的内容
- 提供方法
- 提供頻度または期間
- 対価の計算方法
- 原価、配賦基準、マークアップ率などの算定根拠
3．その他の役務提供の場合
- 提供日時、場所、期間または回数
- 役務の具体的内容
- 対価の内訳
- 対価の計算方法
システム料では何を残すべきか
グループ共通システムの利用料では、単にシステム名と請求額を示すだけでは、負担額の合理性を説明できない場合があります。
例えば、次の資料を組み合わせて保存することが考えられます。
- 利用対象となるシステム・機能の一覧
- 契約期間、利用者数、アカウント数、利用拠点
- ライセンス料、保守費、開発費、人件費など費用総額の内訳
- 利用者数、端末数、売上高などの配賦基準
- 配賦計算表と請求額への集計過程
- 親会社やシステム管理会社が行う保守・サポートの内容
システムの提供と管理サービスが一括請求されている場合は、それぞれの内容と算定方法を区分して説明できるかも確認事項になります。
管理料・経営指導料では何を残すべきか
管理料については、契約上の役務が実際に提供されていることと、請求額がどのように計算されたかの双方を説明できる資料が重要です。
保存資料の例として、次のものが挙げられます。
- 業務内容と担当部署・担当者の一覧
- 月次・四半期の活動報告書
- 会議資料、議事録、メール、チャットなど役務提供の記録
- 作業時間、訪問回数、相談件数などの実績
- サービス提供会社の原価集計表
- 配賦基準、マークアップ率および計算過程
- 株主活動など、日本法人への役務に該当しない活動を除外した資料
契約書に役務の範囲を詳細に記載することも有効ですが、契約書だけで実際の提供実績まで示せるとは限りません。契約・実績・算定根拠を一連の資料として保存することが実務的です。
ローカルファイルがあれば別資料は不要か
国外関連者との取引について移転価格税制上のローカルファイルを作成しており、その記載から必要事項を客観的に把握できる場合には、追加の特定事項はないことになります。
ただし、ローカルファイルという名称の資料が存在するだけで足りるわけではありません。対象となる管理料やシステム料について、今回の必要記載事項が実際に含まれているかを確認する必要があります。
電子メールや共有フォルダで保存してよいか
必要事項は、必ずしも一つの書類に集約する必要はありません。契約書、請求書、計算表、報告書など複数の資料から取引実態を把握できる形でも対応し得ます。
一方、電子メールや電子データで取得した取引情報については、電子帳簿保存法による電子取引データの保存義務が別途問題になります。検索可能性や改ざん防止措置を含め、自社の電子取引保存ルールとの整合も確認が必要です。
損金算入との関係
特定事項記載書類の保存は、対象費用を損金に算入するための直接の要件ではありません。
したがって、保存がないことだけを理由として、管理料やシステム料の損金算入が直ちに否認されるわけではないと国税庁は説明しています。
ただし、課税関係は取引内容と事実関係に基づいて判断されます。資料がなければ、役務提供の事実、事業との関連性、対価の妥当性などを説明することが難しくなります。書類保存義務と費用の損金性は別の論点ですが、実務上は密接に関連します。
保存不備のリスク
特定事項記載書類の保存義務は、青色申告法人だけでなく、青色申告法人以外の普通法人等にも課されます。
青色申告法人については、法令に従った保存が行われていないことが青色申告承認の取消事由に該当し得ます。ただし、国税庁の事務運営指針では、保存の有無だけで機械的に取消しを判断するのではなく、不備の程度や是正可能性などを踏まえて判断し、軽微な場合は改善指導にとどめることができるとされています。
また、欠損金の繰越控除に係る帳簿書類の保存要件や、実額による所得計算が困難な場合の推計課税との関係にも注意が必要です。
PRACTICAL IMPACT｜企業が準備すべきこと
1．グループ内取引を棚卸しする
管理料、システム料、ロイヤルティ、広告費、研究開発費、共通費など、関連者から受ける役務・無形資産取引を一覧化します。国内取引も対象から漏らさないことが重要です。
2．既存書類の記載内容を確認する
契約書と請求書だけで、取引内容、提供態様、頻度・期間、費用の内訳、配賦基準、計算過程まで第三者が理解できるかを確認します。
3．不足事項を補う標準様式を作る
不足がある取引については、業務明細、役務提供実績表、費用配賦計算表など、毎期更新できる補足資料を整備します。
4．契約と実態の差異を確認する
契約書に記載されたサービスと実際の提供内容が一致しているか、利用していないサービスの費用を負担していないかを確認します。
5．申告期限までの社内手続を決める
資料は原則として申告期限までに取得または作成する必要があります。経理部門だけでなく、IT、人事、法務、経営企画、海外親会社などから資料を収集する担当者と期限を決めておくことが重要です。
ZEIMU LENS｜新制度をどう捉えるか
今回の改正は、関連者間取引の価格そのものに新しい課税基準を設けるものではなく、既存書類で不足する取引情報を保存させる制度です。
もっとも、書類を整備する過程では、「どの役務を受けたのか」「日本法人にどのような便益があるのか」「なぜこの配賦基準なのか」「請求額は実態に合っているか」が改めて可視化されます。
そのため、形式的な保存対応にとどまらず、グループ内サービスの内容、費用配賦、契約、会計処理、移転価格対応を横断的に見直す機会と捉えることが重要です。
まとめ
- 令和8年4月1日以後開始事業年度の一定の関連者間取引から新ルールが適用される
- 既存書類で必要事項が分かれば、新しい書類を一律に作る必要はない
- 「管理料一式」「システム料一式」だけでは不足する可能性がある
- 役務の具体的内容、提供頻度・期間、費用の内訳、配賦基準、計算過程を説明できる資料が重要
- 書類保存義務と損金算入の判断は別だが、実務上は密接に関係する
参考資料
- 国税庁「令和8年度 法人税関係法令の改正の概要」その他主な改正項目
- 国税庁「関連者間取引に係る書類の整理保存の特例の運用に当たっての基本的な考え方及び取扱いについて（事務運営指針）」
- 国税庁「法人税基本通達」第17章第3節
本稿は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案に対する税務上の助言を構成するものではありません。
