会社の株式を購入したとき、その代金は通常、取得した株式の取得価額となります。買収した年に全額を費用にできるわけではありません。
一方、一定のM&Aでは、株式取得価額の70％、さらに一定の認定を受けた複数回のM&Aでは90％または100％を「中小企業事業再編投資損失準備金」として積み立て、損金に算入できる制度があります。
経済産業省は2027年度税制改正要望で、この制度の適用期限の3年間延長と手続の見直しを求めています。本稿では、この要望を入口に、現在利用できる制度と、買収を検討する企業が事前に確認したい点を整理します。
最初に押さえたい点
損金にできるのは、法定要件を満たして積み立てた準備金です。買収代金そのものを通常の経費に振り替える制度ではありません。準備金は将来、原則として取り崩して益金に算入するため、積立時の税負担だけで判断しないことが重要です。
※本稿は2026年10月20日現在の公表資料に基づきます。2027年度の延長・見直しは要望段階であり、成立済みの制度と区別して記載しています。
WHAT’S NEW｜2027年度は3年間の延長と手続見直しを要望
経済産業省の要望書は、「中小企業事業再編投資損失準備金（中堅・中小グループ化税制）」について、適用期限を2030年3月31日まで3年間延長し、中小企業のM&Aの実態を踏まえた手続の見直しを行うとしています。
背景にあるのは、買収前にデューデリジェンスを実施しても、簿外債務や偶発債務などのリスクを完全には取り除けないという問題です。買収後の不確実性に備えるとともに、統合後の人材・設備への投資を後押しする政策と位置付けられています。
ただし、この要望によって、すでに延長が確定したわけではありません。また、手続の具体的な見直し内容まで確定したものではありません。現行制度上の計画認定期限は2027年3月31日です。単に買収の契約や決済をこの日までに行えば足りる、という意味ではありません。計画認定の期限と、認定計画に基づく取得の時期を区別し、今後の改正内容も確認する必要があります。
出典：経済産業省「2027年度税制改正要望事項」項目27・1～3ページ
BACKGROUND｜株式の取得代金と準備金の損金算入は別の処理
株式取得によるM&Aでは、買い手は株式という資産を取得します。被買収会社が保有する建物・設備・事業を、買い手自身が直接取得する取引とは異なります。
そのため、買収のために現金が出ていくことと、税務上の損金が発生することは一致しません。この準備金制度は、その通常の取扱いに対して、一定の要件の下で将来の株価下落による損失に備えた積立額の損金算入を認めるものです。根拠規定は租税特別措置法56条です。
ここでは、実際に損失が発生したことを理由に損金とする処理と、制度に基づいて準備金を積み立てる処理を区別する必要があります。積立時に損金算入できたからといって、株式の取得価額が同額だけ消滅するという説明は適切ではありません。
KEY ISSUE｜一般枠と拡充枠では何が違うか
制度には、経営力向上計画に基づく一般枠と、特別事業再編計画に基づく拡充枠があります。主な違いは次のとおりです。
| 項目 | 一般枠 | 拡充枠 |
|---|---|---|
| 計画 | 経営力向上計画 | 特別事業再編計画 |
| 主な対象 | 税法上の中小企業者等で計画認定等の要件を満たす法人 | 一定のM&A実績があり、計画認定等の要件を満たす中堅・中小企業の法人 |
| 積立割合の上限 | 取得価額の70％ | 認定計画に基づく最初の取得は90％、その後は100％ |
| 対象取得価額 | 10億円以下 | 1億円以上100億円以下 |
| 据置期間 | 5年間 | 10年間 |
| 据置期間後 | 原則として5年間で均等に取り崩し、益金算入 | |
制度の主要項目を比較したものです。青色申告、株式等の購入・継続保有、積立方法、保険契約等の要件は別途確認が必要です。出典：国税庁「2024年度法人税関係法令の改正の概要」本文16～18ページ
「M&A2回目」と「認定後1回目」を混同しない
拡充枠は、過去5年以内の一定のM&A実績を前提とする制度です。そのうえで、認定計画に従った最初の取得に90％、それ以外の取得に100％の積立割合を適用する構造になっています。
制度紹介で「M&A2回目90％、3回目以降100％」と記載されていても、会社の沿革上、2回目の買収なら自動的に90％になるわけではありません。どの過去実績を要件判定に使い、今回の取得がどの認定計画に基づくものかを確認します。
また、単に従業員数が2,000人以下であることだけで、拡充枠の適用が決まるわけではありません。認定要件と税法上の適用要件の双方を満たす必要があります。
数値例｜1億円で買収した場合の効果と限界
一般枠を利用し、対象となる株式取得価額が1億円、積立割合が70％であると仮定します。積立額は7,000万円です。
制度を使わない場合と比べ、積立年度の課税所得は7,000万円少なくなります。説明のため税率を一律30％と仮定すれば、当初の税負担差は2,100万円です。
| 項目 | 仮定・計算 |
|---|---|
| 株式取得価額 | 1億円 |
| 準備金積立額 | 1億円×70％＝7,000万円 |
| 積立年度の税負担差 | 7,000万円×仮定税率30％＝2,100万円 |
| 据置後の年間取崩額 | 7,000万円÷5年＝1,400万円 |
| 取崩しによる年間税負担 | 1,400万円×仮定税率30％＝420万円 |
これは、積立額を当期の所得から全額控除でき、各年度が12か月で、途中の取崩事由や税率変更がなく、将来も同じ税率で課税されるとした単純な比較です。実際の税額は、欠損金、税率、地方税等により異なります。
この例で見るべきなのは、2,100万円を永久に免れることではなく、当初の資金流出を抑え、買収後の統合・設備投資・人材育成に使える期間を確保できる点です。一方、将来の取崩しに備えた納税資金の管理も必要です。
取崩し｜据置期間中でも益金算入が生じることがある
5年・10年の据置は、その期間中に何が起きても取崩しが不要という意味ではありません。国税庁の改正概要では、計画認定の取消し、株式等の全部・一部を保有しなくなった場合、株式等の帳簿価額の減額、対象法人の解散などが取崩事由として整理されています。
取崩額は事由によって異なります。株式売却や合併を行う場合は、譲渡損益・組織再編の税務だけでなく、準備金の取崩しも同時に試算する必要があります。会計上の減損と税務上の評価損の損金算入可否についても、同じものとして扱うことはできません。
また、一定の表明保証保険等に該当する「特定保険契約」は、適用除外や取崩しに関係します。保険と準備金を併用できると決め付けず、契約内容と締結時期を確認します。
PRACTICAL IMPACT｜決算時ではなく、買収前から準備する
一般枠の中小企業庁の案内では、相手方が決まった段階で、株式取得と事業承継等事前調査の内容を記載した経営力向上計画を策定し、認定を受ける流れが示されています。取得後には報告と確認書の交付を受け、税務申告で必要書類を添付します。
実務では、次の事項を案件の初期段階で整理することを提案します。
- 買い手の要件：一般枠・拡充枠の対象か。資本関係、規模、過去のM&A実績も含めて判定する。
- 取引の形態：株式等の購入か。事業譲受けや株式交換など、別の取引形態と混同しない。
- 手続の日程：計画申請・認定、DD、契約、決済の日程を所管窓口と確認する。
- 当期と将来の所得：積立年度の効果に加え、均等取崩し・早期取崩しの影響も試算する。
- 買収後の管理：対象株式、積立年度、残高、取崩開始時期、認定後の報告義務を一覧で管理する。
なお、計画認定を受けたことだけで、税務上の損金算入が保証されるわけではありません。損金経理または剰余金の処分による積立てなどの要件と、申告書・添付書類の整備を別途確認します。
手続の参照：中小企業庁「中小企業事業再編投資損失準備金」、経済産業省「事業再編の促進」
ZEIMU LENS｜「最大100％」より、買収後の資金と税負担を見る
この制度の特徴は、損失が現実化する前に、一定の投資額を準備金として損金算入できることにあります。しかし、税務上の準備金があることで、簿外債務や事業統合の失敗による経済的損失そのものが補塡されるわけではありません。
当サイトとしては、税制による当初の資金余力を、適切なDDと買収後の統合にどう振り向けるかが重要だと考えます。準備金の積立可能額を、そのまま買収価格の引上げ余地と捉えることも慎重であるべきです。
2027年度要望の延長が実現すれば、制度を検討する時間軸は広がります。ただし、改正を前提に案件を進めるのではなく、現行の認定期限を踏まえて準備し、成立した改正の内容を確認して計画を更新することが適切です。
参考資料
- 経済産業省「2027年度税制改正要望事項」項目27（延長・手続見直しの要望）
- 中小企業庁「中小企業事業再編投資損失準備金（中堅・中小グループ化税制）」（制度・一般枠の手続）
- 国税庁「2024年度法人税関係法令の改正の概要」本文16～18ページ（積立割合・適用除外・取崩し）
- 経済産業省「事業再編の促進（産業競争力強化法）」（特別事業再編計画の手続）
本稿は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案に対する税務上の助言を構成するものではありません。
