経済産業省は、令和9年度（2027年度）税制改正要望で、グループ通算制度における投資簿価修正の算定方法の見直しを求めています。
現行制度では、通算子法人の株式取得時に認識された買収プレミアム相当額について、一定の申告・保存要件を満たせば、通算グループ離脱時の株式簿価に加算できる措置があります。
しかし、その通算子法人を被合併法人等とする非適格合併等が行われた場合、非適格合併等より前に取得した株式に係る調整勘定対応金額は「ないもの」とされます。経済産業省は、この一律にゼロとする取扱いが、事業の切出しやポートフォリオ再編を妨げる可能性があるとして、非適格合併等の対象事業の規模などを踏まえた取扱いへの見直しを要望しました。
本稿では、現行の投資簿価修正、買収プレミアム相当額の加算措置、非適格合併等を行った場合の問題点、改正要望の射程を整理します。
※本稿は2026年10月6日現在の公表資料に基づきます。今回公表されたのは税制改正「要望」であり、改正の実施、具体的な計算方法、適用時期はいずれも確定していません。
WHAT’S NEW｜令和9年度税制改正要望の内容
経済産業省の要望項目は、「グループ通算制度に係る投資簿価修正における算定方法の見直し」です。
要望資料は、現行制度上、通算子法人の買収時に認識した資産調整勘定等対応金額、すなわち買収プレミアムについて、通算子法人が非適格合併等を行った場合に一律にゼロとする取扱いとなっている点を問題として挙げています。
そのうえで、企業による事業の選択と集中やノンコア事業の切出しなどを促進する観点から、非適格合併等の対象となる事業の規模等を踏まえた取扱いへ改める措置を求めています。
重要なのは、買収プレミアムを常に維持するという要望ではなく、非適格合併等が行われたという理由だけで全額を一律にゼロとする現行の取扱いを見直そうとしている点です。
BACKGROUND｜投資簿価修正はどの場面で行われるか
グループ通算制度では、通算子法人が通算グループから離脱する場合などに、その子法人株式の帳簿価額を、原則として離脱時の簿価純資産価額に相当する金額へ修正します。これが投資簿価修正です。
投資簿価修正には、通算グループ内で生じた子法人の利益・損失が、子法人株式の譲渡損益を通じて二重に課税・控除されることを調整する役割があります。
一方、単純に簿価純資産価額だけへ修正すると、第三者から子会社株式を取得した際の買収プレミアムが株式簿価から失われ、子会社株式の譲渡時に実態のない譲渡益が生じる場合があります。
そこで、一定の要件を満たす場合には、離脱法人の簿価純資産価額に「調整勘定対応金額の合計額」を加算して、投資簿価修正後の株式帳簿価額を計算する措置が設けられています。
KEY ISSUE｜買収プレミアム相当額の加算措置
調整勘定対応金額は、概念的には、通算子法人株式を取得した時点で、その子法人を被合併法人、株式を取得した法人を合併法人とする非適格合併が行われたものとみなして計算する資産調整勘定または負債調整勘定に対応する金額です。
国税庁のグループ通算制度に関するQ&Aでは、株式取得対価に含まれる取得時の時価純資産価額を超える部分を「未実現の正ののれん相当額」、時価純資産価額に満たない部分を「未実現の負ののれん相当額」に対応するものとして説明しています。
この加算措置を適用するには、離脱法人株式を有するすべての法人が、離脱時の属する事業年度の確定申告書等に別表十四（五）を添付し、いずれかの法人が計算の基礎となる事項等を記載した書類を保存することなどが必要です。
したがって、買収時に次の資料を整理していなければ、後年の離脱時に計算や立証が困難になる可能性があります。
- 株式譲渡契約書および取得対価の内訳
- 取得時の対象会社の資産・負債の時価評価資料
- 取得付随費用の明細
- 発行済株式数、取得株式数および取得時期
- 段階取得がある場合の各取得時点の資料
- 資産調整勘定・負債調整勘定に対応する計算資料
現行制度ではなぜ買収プレミアムが「消える」のか
法人税法施行令第119条の3に基づく現行の取扱いでは、離脱法人を被合併法人等とする非適格合併等が行われた場合、その非適格合併等より前に取得した対象株式に係る調整勘定対応金額は、ないものとされます。
非適格合併等では、移転する資産・負債が時価で受け入れられ、実際の資産調整勘定等が計上される場合があります。このため、株式取得時の未実現の買収プレミアム相当額と、再編時に認識される資産調整勘定等との重複を防ぐ必要があります。
もっとも、非適格合併等の対象が通算子法人の事業の一部にとどまる場合でも、従前の調整勘定対応金額の全額が失われるとすれば、対象外の事業に対応する買収プレミアムまで消滅し得ます。
経済産業省の改正要望は、この「一部の事業再編であっても一律に全額ゼロとなり得る」という点に着目したものと考えられます。
ANALYSIS｜数値例で見る影響
次の単純化した例で考えます。
- 子会社株式の取得価額：100億円
- 取得時の時価純資産価額：70億円
- 買収プレミアム相当額：30億円
- 離脱時の簿価純資産価額：80億円
申告・保存要件を満たし、買収プレミアム相当額30億円を加算できると仮定すると、投資簿価修正後の株式簿価は110億円となります。
これに対して、子会社が非適格合併等を行い、従前の調整勘定対応金額30億円がないものとされれば、投資簿価修正後の株式簿価は80億円となります。子会社株式を同額で売却した場合でも、譲渡損益には30億円の差が生じ得ます。
問題は、非適格合併等の対象が子会社の事業のごく一部であった場合にも、30億円全額が失われる可能性がある点です。
改正要望にある「対象となる事業の規模等を踏まえた扱い」が実現すれば、例えば、再編対象事業に対応する部分だけを減額し、残存事業に対応する部分を維持する設計が考えられます。ただし、これは要望内容から想定される方向性であり、具体的な按分方法は公表されていません。
どのような再編が問題になり得るか
現行法上の「非適格合併等」は、非適格合併だけに限られません。法人税法第62条の8に関係する非適格分割、非適格現物出資、事業の譲受けなどを含む概念です。
実務では、次のような場面で影響を検討する必要があります。
- M&Aで取得した子会社の一部事業をグループ会社へ移す
- ノンコア事業を切り出して外部へ売却する
- 事業ポートフォリオの再編に伴い、事業譲渡や非適格会社分割を行う
- 買収後の統合過程で、通算子法人の資産・負債を別法人へ移す
- 再編後に子会社株式を売却し、通算グループから離脱させる
再編時点だけを見れば合理的な選択でも、その後のグループ離脱時の株式簿価に大きな影響を与える可能性があります。組織再編税制とグループ通算制度を別々に検討するのではなく、買収から再編、最終的なExitまでを一つの時系列で検討する必要があります。
会計上ののれん、税務上の資産調整勘定との違い
本論点では、似た用語を区別する必要があります。
| 項目 | 概要 |
|---|---|
| 会計上ののれん | 企業結合会計上、取得原価と受け入れた識別可能資産・負債との差額として認識されるもの |
| 税務上の資産調整勘定 | 非適格合併等により事業に係る資産・負債の移転を受けた場合に、一定の差額について認識される税務上の資産 |
| 資産調整勘定対応金額 | 投資簿価修正の計算上、株式取得時に非適格合併があったものとみなして算定する未実現の買収プレミアム相当額 |
会計上ののれん残高を、そのまま投資簿価修正の加算額として使うわけではありません。対象株式の取得時ごとに、税法上の規定に従って計算する必要があります。
PRACTICAL IMPACT｜企業が今から確認すべきこと
1．再編前に投資簿価修正まで試算する
通算子法人が非適格合併等を予定している場合は、再編時の譲渡損益や資産調整勘定だけでなく、その後の子会社離脱時における投資簿価修正への影響も試算する必要があります。
2．買収時資料を保存する
改正の有無にかかわらず、加算措置の適用には買収時の時価純資産や取得対価の資料が重要です。M&Aから数年後に子会社が離脱する場合、担当者の異動やシステム変更により資料が散逸しやすいため、税務目的の保存資料を明確にしておくことが必要です。
3．事業別情報を整備する
仮に対象事業の規模等に応じて調整勘定対応金額を按分する制度となれば、事業別の資産・負債、利益、キャッシュフロー、買収価格配分などが計算の基礎になる可能性があります。今後公表される制度案を確認しつつ、買収時および再編時の事業別情報を保存することが望まれます。
4．税効果会計への影響を検討する
子会社株式の税務上の簿価が将来の譲渡損益を左右する場合、連結財務諸表上の税効果会計にも影響する可能性があります。改正が具体化した段階では、経理・税務・M&A担当者が連携して検討する必要があります。
未確定事項
2026年10月6日現在、次の事項は確定していません。
- 令和9年度税制改正大綱に採用されるか
- 対象となる非適格合併等の範囲
- 対象事業の規模を測る指標
- 調整勘定対応金額の按分・減額方法
- 改正法令の適用開始時期
- 改正前に行われた買収・再編に対する経過措置
したがって、現時点で改正後の税負担を確定的に見積もることはできません。実際の再編では、現行制度に基づく試算を基本としつつ、改正案が具体化した後に再検討する必要があります。
ZEIMU LENS｜再編単体ではなく「買収からExitまで」で見る
今回の改正要望が示すのは、グループ通算制度の投資簿価修正が、単なる離脱時の申告調整ではなく、M&A後の事業再編そのものに影響し得るということです。
非適格合併等による資産・負債の移転には、時価課税、資産調整勘定、消費税、繰越欠損金など多くの論点があります。しかし、再編後に残る子会社株式の税務簿価まで見なければ、取引全体の税負担を正しく把握できない場合があります。
特に、一部事業の切出しが買収プレミアム相当額の全額消滅につながる現行の取扱いは、事業ポートフォリオの見直しを阻害し得ます。一方で、対象事業に応じた按分を認める場合には、恣意性を排除できる客観的な計算基準が必要です。
今後の焦点は、「一律ゼロ」をどのような算定方法へ置き換えるかです。令和9年度税制改正大綱、法令案、経過措置の内容を継続して確認する必要があります。
参考資料
本稿は一般的な情報提供を目的とするものであり、個別の事案に対する税務上の助言を構成するものではありません。
